| Temporada | Torneo | Campeón | Segundo |
| 1992 | Meistriliiga | FC Norma | JK EP Jõhvi |
| 1992-93 | Meistriliiga | FC Norma | FC Flora |
| 1993-94 | Meistriliiga | FC Flora | FC Norma |
| 1994-95 | Meistriliiga | FC Flora | Lantana-Marlekor |
| 1995-96 | Meistriliiga | FC Lantana | FC Flora |
| 1996-97 | Meistriliiga | FC Lantana | FC Flora |
| 1997-98 | Meistriliiga | FC Flora | JK Sadam |
| 1998 | Meistriliiga | FC Flora | JK Sadam |
| 1999 | Meistriliiga | FC Levadia | Viljandi JK Tulevik |
| 2000 | Meistriliiga | FC Levadia | FC Flora |
| 2001 | Meistriliiga | FC Flora | FC TVMK |
| 2002 | Meistriliiga | FC Flora | FC Levadia |
| 2003 | Meistriliiga | FC Flora | FC TVMK |
| 2004 | Meistriliiga | FC Levadia | FC TVMK |
| 2005 | Meistriliiga | FC TVMK | FC Levadia |
| 2006 | Meistriliiga | FC Levadia | JK Narva Trans |
| 2007 | Meistriliiga | FC Levadia | FC Flora |
| 2008 | Meistriliiga | FC Levadia | FC Flora |
| 2009 | Meistriliiga | FC Levadia | JK Sillamäe |
| 2010 | Meistriliiga | FC Flora | FC Levadia |
| 2011 | Meistriliiga | FC Flora | Nõmme Kalju FC |
| 2012 | Meistriliiga | Nõmme Kalju FC | FC Levadia |
| 2013 | Meistriliiga | FC Levadia | Nõmme Kalju FC |
| 2014 | Meistriliiga | FC Levadia | JK Sillamäe |
| 2015 | Meistriliiga | FC Flora | FC Levadia |
| 2016 | Meistriliiga | FC Infonet | FC Levadia |
| 2017 | Meistriliiga | FC Flora | FC Levadia |
| 2018 | Meistriliiga | Nõmme Kalju FC | FCI Levadia |
| 2019 | Meistriliiga | FC Flora | FCI Levadia |
| 2020 | Meistriliiga | FC Flora | Paide Linnameeskond |
| 2021 | Meistriliiga | FCI Levadia | FC Flora |
| 2022 | Meistriliiga | FC Flora | FCI Levadia |
